גידול כותנה הוא אירוע מיוחד במשק המודל, ובמשק נווה יער בכלל (זן פימה, כותנה ארוכת סיב – תודה לאור רם שיצר קשר עם 'זרעי ישראל' שנתנו את הזרעים במתנה למשק המודל).
אחד האתגרים בשילוב כותנה בטיפולי הבסיס של משק המודל קשור לזריעת גידול מסחרי לתוך קרקע מחופה בגידולי השירות המומתים והיבשים. מדובר באתגר אגרוטכנולוגי שמלווה אותנו בכל זריעה.
א. גידולי השירות מציבים אתגר אגרוטכני מורכב ביותר, שכן דרושה כאן אינטגרציה מלאה בין אגרונומים, מפעילי ציוד חקלאי, ומהנדסי\טכנאי ציוד חקלאי. דרוש הרבה כושר אילתור ורצון כנה כדי להצליח.
ב. ככל שהתלות של משק המודל בכלים של קבלנים גדולה יותר, כך עלולות להצטבר אי-התאמות מכניות ואי-התאמות בתוכנות הניווט השונות. לא ניתן לבטל לחלוטין את התלות בקבלנים חיצוניים, אך יש מקום לשאוף לעצמאות גדולה יותר דרך הצטיידות בכלים נוספים או לכל הפחות במגוון חלקים שמתאימים לריתום לכלים כבדים המצויים אצל קבלנים באזור.
ג. בכל פעולה כזאת ישנם הרבה בלתמ"ים (בלתי צפוי) ונדרשת מעורבות ישירה של החברים השונים כדי לקבל החלטות מיטביות בשטח.
ד. פיתוח מימשקי שימור קרקע דורש למידה ארוכת-שנים, עם גידולים שונים ותנאי אקלים משתנים. משק המודל הוקם מתוך הסתכלות ארוכת-טווח (עשרות שנים קדימה), כך שיהווה מוקד לפיתוח ולעדכון של פרקטיקות רלוונטיות. 
